Chef du département des organismes transversaux et des grandes infrastructures de recherche au Ministère de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche depuis 2010, Armel de La Bourdonnaye est ingénieur diplômé de l'École polytechnique et de l'École nationale des ponts et chaussées, docteur en mathématiques appliquées de l'École polytechnique. Il est titulaire de l'Habilitation à Diriger les Recherches.
Maîtrisant les enjeux actuels de l'enseignement supérieur et de la recherche, Armel de La Bourdonnaye connaît bien également l'École nationale des ponts et chaussées pour en avoir été directeur de la recherche entre 2004 et 2008.
Il débute sa carrière comme chercheur à l'ONERA (1989-1991) puis à l'INRIA où il devient directeur adjoint de laboratoire (1991-1999). De 1999 à 2001, il est adjoint au chef du service technique de l'énergie électrique et des grands barrages au sein du Ministère de l'économie, des finances et de l'industrie puis conseiller au Ministère des Transports, de l'Équipement et du Logement (2001-2004).
En 2008, il rejoint la direction générale pour la recherche et l'innovation comme chef du département de la coordination et des politiques transversales, où il travaille notamment sur la stratégie nationale de recherche et d'innovation et le Programme d'Investissements d'Avenir. Puis en 2010, il y est nommé chef de département des organismes transversaux et des grandes infrastructures de recherche où il assure, entre autres responsabilités, la tutelle du CNRS, du CEA et de l'ANR.
Depuis mars 2012, il est également vice-président du groupe à haut niveau pour la programmation conjointe auprès du Conseil européen.
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